در این بخش ما قصد داریم به مباحثی در شبیه سازی دینامیک مولکولی بپردازیم که در سطح بالاتری از آموزشهای مقدماتی ارائه شده، قرار دارد. با توجه به پیچیدگی این مباحث و علاقه پژوهشگران به این حوزه ها، برخی از مهمترین مباحث مطرح در این حوزه در ذیل آورده شده است که هرکدام در بخش خود به تفصیل مورد بررسی قرار خواهد گرفت.
