امروزه شبیه سازی کامپیوتری به عنوان یکی از بهترین روشهای موجود برای بررسی ساختار و رفتار موادمی باشد ومی توان گفت پلي بين نظريه و تجربه است. شبیهسازیکامپیوتريابزاری جديد به عنوان یک مکمل برای بررسی دقیق تر نتایج روشهای آزمایشگاهی به کارمیرود. يکيازاهداف بسیارمهم شبیهسازهايکامپیوتري ،دستیابی به شرايطآزمايش بهمنظورآشکارساختن مکانیسم مولکوليدرابعادمیکروسکوپیميباشد.
شبیهسازی میتواند جزئیترین اطلاعات را پیرامون تحرک ذرات و مولکولها به عنوان تابعی از زمان فراهم سازد. به همین جهت ابزاری توانمند در بسیاری از رشتههای علوم، زیستشناسی، شیمی، فیزیک، مهندسی، علوم فضایی، پزشکی، داروسازی و ... محسوب می شود. به عنوان مثال با استفاده از روشهای شبیهسازی دینامیک مولکولی میتوان خواص پروتئینها و اسیدهای نوکلئیک را بررسی کرد، مکانیسم عمل آنزیمها، داروها و... را شناسایی کرد و در طراحی داروهای جدید با کارایی بهتر از این روشها بهره برد. با استفاده از شبیه سازی می توان بسیاری از مکانیسم ها در سطح مولکولی، که در شرایط آزمایشگاهی قابل بررسی نیست ، مورد بررسی قرار داد و نتایج تجربی را باستفاده از آن بهتر و دقیق تر تفسیر نمود.
هدف از برگزاری این کارگاه های آموزشی به صورت تئوری و عملی در گام اول معرفی، آموزش و آشنایی پژوهشگران و دانشجویان با محیط سیستم عامل لینوکس، وسپس ابزار قدرتمند شبیهسازی دینامیک مولکولی و ونحوه استفاده از نرم افزار گرومکس در این حوزه می باشد.