GROMACS، مختصر شده عبارت (Groningen Machine for Chemical Simulations)، يك بسته نرم افزاري تطبيق پذير و متنوع براي انجام ديناميك مولكولي است كه از طريق حل معادلات حركت نيوتني امكان شبيه سازي سامانه هايي  متشكل از صدها تا ميليون ها ذره را فراهم مي كند. اين برنامه سريع، انعطاف پذير و به صورت آزاد (مجاني) قابل دسترس است.
GROMACS در ابتدا براي شبيه سازي سامانه هاي بيولوژيكي پيچيده با برهم كنش هاي پيوندي بسيار زياد نظير پروتيين ها، چربي ها و اسيد هاي نوكلييك طراحي شد اما با گذشت زمان به دليل سرعت بالاي محاسبات در اين نرم افزار، بسياري از گروه هاي تحقيقاتي از آن براي شبيه سازي سامانه هاي شيميايي پيچيده غير بيولوژيك مثل پليمرها نيز استفاده كرده اند. همه الگوريتم هاي معمول مورد انتظار از يك برنامه شبيه سازي ديناميك مولكولي پيشرفته با GROMACS قابل انجام مي باشد (براي بررسي جزييات بيشتر مي توان به راهنمای نرم افزار  مراجعه نمود).

بسته نرم افزاري GROMACS به زبان C نوشته شده است. هر چند براي افزايش سرعت، يك سري حلقه هاي داخلي نيز به زبان فرترن به آن الحاق شده است. با اين حال نرم افزار با يك كمپايلر C بر روي سيستم عامل لينوكس قابل نصب مي باشد و در صورت به كار گيري يك كمپايلر فرترن مي توان سرعت اجراي برنامه را بالاتر برد.

بيشتر اطلاعات ضروري  در مورد اين نرم افزار در پايگاه اطلاع رساني آن به ادرس (/http://www.gromacs.org) قابل دسترسي مي باشد مراجعه به mailing list و FAQs نرم افزار نيز مي تواند به كسب اطلاعات تكميلي كمك كند. بسته نرم افزاري GROMACS رایگان  و تحت مجوز GNU General Public License قابل دسترس است.

برنامه GROMACS، امکان انجام طیف وسیعی از نیازمندی های موجود در عرصه شیمی محاسباتی و شبیه سازی مولکولی را فراهم می سازد. برای نمونه علاوه بر شبیه سازی دینامیک مولکولی معمول، امکان انجام محاسبات زیر با استفاده از GROMACS وجود دارد:

Some features of the software

  Energy Minimizations
  NMR Refinement
  Non-Equilibrium Molecular Dynamics
  Langvin Dynamics
Free Energy Calculation
Mixed Quantum / Classical Dynamics
  Test Particle Insertion
  Simulated Annealing

 مراحل اجرای شبیه سازی در گرومکس در یک نگاه