قسمت اول:شبیه سازی دینامیک مولکولی لیزوزیم در آب

در این آموزش رفتار لیزوزیم  را در یک محیط آبی شبیه سازی می کنیم. شاید نوع شبیه سازی و مولکول به کار گرفته شده برای شما ساده به نظر آید ولی از آنجا که هدف این آموزش، بیان جزییات در سطح ابتدایی است، نخستین آموزش گرومکس را بر اساس این مولکول شروع می کنیم. در این آموزش به مطالب زیر  پرداخته شده است:
 
 
 
1-تعریف و عملکرد لیزوزیم.
2- بررسی  فایل  pdb و نحوه پالایش  و آماده سازی آن.
3- اجرای گرومکس و ساختن فایلهای ورودی و نحوه انتخاب میدان نیرو.
4- بررسی دقیق تغییرات فایلهای ورودی و نحوه تغییرات آن ها  در حین اجرای دستورات مختلف.
5- معرفی فلگ ها و دستورات اجرایی به صورت کامل وجامع.
6- بررسی نحوه ساختن جعبه سازی و انتخاب جعبه صحیح ، اضافه نمودن حلال ، یون و در نهایت اغاز کمینه سازی انرژی.
7-انجام شبیه سازی در مجموعه های NVT و NPT و نحوه تنظیم پارامترهای مختلف در این مجموعه ها ، چک کردن خروجی ها در هر مرحلهو همچنین بررسی به تعادل رسیدن سیستم برای آغاز شبیه سازی MD.
8-معرفی کامل جزئیات انالیزهای مختلف و نحوه تفسیر نتایج خروجی ، این انالیزها شامل: RMSD ،RMSF ، Rg و DSSP و ....

9- نحوه گسترش دادن زمان شبیه سازی بعد از اتمام آن و اجرای مجدد شبیه سازی های قطع شده به صورت صحیح.

 

  " جهت اطلاع ازهزینه جزوه کامل شبیه سازی دینامیک مولکولی، لطفا از طریق شماره 09387702386 در پیام رسانهای تلگرام و واتس آپ و بله استعلام بگیرید"

 

 

  این مجموعه جامع در 54 صفحه تدوین شده است. که بعد از پرداخت هزینه لینک دانلود فایل مربوطه برای شما ارسال می گردد.

  برای نحوه پرداخت هزینه با ایمیل بخش فروش (sales@gromacsinfo.ir)  و یا ایدی تلگرام  gromacsinfo@ مکاتبه کنید.